2014
2015
2016
2017

Dvacátétřetí setkání Pražského informatického semináře

Michal Kozubek

Analýza a syntéza obrazů buněk

Přirozenou snahou lidstva po mnoho století je zjistit, jak vypadá a funguje základní stavební kámen všeho živého – buňka. Významnou pomoc při tomto úsilí poskytují již několik desetiletí počítače.

20. října 2016

16:00

Posluchárna S5, MFF UK
Malostranské nám. 25, Praha 1
Zobrazit na mapě

Anotace přednášky

Přirozenou snahou lidstva po mnoho století je zjistit, jak vypadá a funguje základní stavební kámen všeho živého – buňka. Významnou pomoc při tomto úsilí poskytují již několik desetiletí počítače. Základním nástrojem pro pozorování buněk je optický mikroskop. Počítač pomáhá například s vyhledáváním objektů zájmu, jejich udržováním v zorném poli, zaostřováním, či korekcí optických vad. Počítače dále provádějí on-line i off-line analýzu počínaje restaurováním obrazů přes segmentaci objektů až po klasifikační úlohy. V neposlední řadě se pomocí počítačů vytvářejí stále propracovanější modely buněk zahrnující nejenom 3D strukturu, ale i dynamiku, eventuálně interakci buňky s jejím okolím. Modely mají význam pro biologický výzkum, pro klinické účely srovnáním modelů zdravých buněk nebo tkání s nádorovými, i pro generování syntetických obrazů použitelných k testování algoritmů.

Na přednášce bude prezentován historický přehled v dané oblasti, vlastní výsledky, a zejména přínos při zavádění standardů (benchmarků) pro vzájemné srovnávání dostupných algoritmů používaných při analýze obrazů buněk. Nakonec bude prezentována vize postupné integrace dostupných dílčích poznatků do věrohodného globálního modelu morfologie a chování buňky.

Přednášející

Michal Kozubek

Prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., působí na Fakultě informatiky Masarykovy univerzity jako vedoucí Centra analýzy biomedicínského obrazu, v letech 2011-2015 byl děkanem. Věnuje se zpracování obrazu, zejména aplikovanému v mikroskopii pro účely časoprostorového studia buněk. Pobýval na stážích a spolupracoval například s University of Oxford (na vývoji nové techniky mikroskopie s využitím on-line zpracování obrazu, publikováno v Nature, 1996), Universität Heidelberg (na vývoji počítačem řízené tomografie buněk, publikováno v Micron, 2002) nebo Universidad de Navarra (na vývoji benchmarků pro algoritmy segmentace a sledování buněk, publikováno v Bioinformatics, 2014). V posledních letech se podílí na integračních aktivitách v dané oblasti v rámci celoevropské výzkumné infrastruktury pro biomedicínské zobrazování Euro-BioImaging, resp. české části Czech-BioImaging, nově i COST NEUBIAS (Network of European Bioimage Analysts). Je členem Československé mikroskopické společnosti, European microscopy Society a IEEE Signal Processing Society. Jeho záznam na Web of Knowledge obsahuje 80 článků, přes 1400 citací a h-index 24.

O PRAŽSKÉM INFORMATICKÉM SEMINÁŘI

Seminář se schází vždy 4. čtvrtek v měsíci v 16 hod. (s výjimkou letních měsíců a prosince), a to buď v budově FEL ČVUT na Karlově náměstí, nebo v budově MFF UK na Malostranském náměstí.

Jeho program je tvořen hodinovou přednáškou, po níž následuje časově neomezená diskuse. Základem přednášky je něco (v mezinárodním měřítku) mimořádného nebo aspoň pozoruhodného, na co přednášející přišel a co vysvětlí způsobem srozumitelným a zajímavým i pro širší informatickou obec. Přednášky jsou standardně v angličtině.

Seminář připravuje organizační výbor ve složení Roman Barták (MFF UK), Michal Chytil (ÚI AVČR), Pavel Kordík (FIT ČVUT), Jan Kybic (FEL ČVUT), Michal Pěchouček (FEL ČVUT), Jiří Sgall (MFF UK), Vojtěch Svátek (FIS VŠE), Michal Šorel (ÚTIA AV ČR), Tomáš Werner (FEL ČVUT), Filip Železný (FEL ČVUT)

Idea Pražského informatického semináře vznikla z rozhovorů představitelů několika vědeckých institucí na téma, jak odstranit zbytečnou fragmentaci informatické komunity v ČR.

Podporovatelé

Kontakt